دفتر نظارت و ارزيابي پژوهش و فناوري وزارت علوم، تحقيقات و فناوري هر ساله به منظور بازتاب تلاش‌هاي انجام‌شده درراستاي تحقق اهداف اسناد و برنامه‌هاي بالادستي مرتبط با توسعه علم و فناوري كشور، اقدام به گردآوري و تدوين گزارش عملكرد دانشگاه‌ها و مؤسسات پژوهشي كشور مي‌نمايد.
در همين راستا خلاصه عملكرد پژوهش و فناوري دانشگاه فردوسي مشهد و مؤسسات پژوهشي وابسته به آن (پژوهشكده مطالعات اسلامي در علوم انساني فردوسي مشهد، پژوهشكده علوم گياهي فردوسي مشهد، گروه پژوهشي علوم زلزله فردوسي مشهد و گروه پژوهشي جونده‌شناسي فردوسي مشهد) در چهارده شاخص مرتبط با پژوهش و فناوري در سال 1389 در قالب موارد زير اعلام گرديد. 

1.مقادير و رتبه‌ شاخص‌هاي پژوهش و فناوري دانشگاه فردوسي مشهد در بين 76 دانشگاه كشور
2.مقادير و رتبه‌ شاخص‌هاي پژوهش و فناوري مؤسسات پژوهشي وابسته به دانشگاه فردوسي مشهد در بين 115 مؤسسه پژوهشي وابسته به دانشگاه كشور
3.مقادير و رتبه‌ شاخص‌هاي پژوهش و فناوري پژوهشكده مطالعات اسلامي در علوم انساني دانشگاه فردوسي مشهد در بين 55 مؤسسه پژوهشي كشور در زمينه فعاليت علوم انساني
4.مقادير و رتبه‌ شاخص‌هاي پژوهش و فناوري پژوهشكده علوم گياهي دانشگاه فردوسي مشهد در بين 25 مؤسسه پژوهشي كشور در زمينه فعاليت كشاورزي
5.مقادير و رتبه‌ شاخص‌هاي پژوهش و فناوري گروه‌هاي پژوهشي علوم زلزله و جونده‌شناسي دانشگاه فردوسي مشهد در بين 24 مؤسسه پژوهشي كشور در زمينه فعاليت علوم پايه

لازم به توضيح که دفتر نظارت و ارزيابي معاونت پژوهش و فناوري وزارت علوم، تحقيقات و فناوري هر ساله مؤسسات پژوهشي را كه از نظر تعداد پژوهشگران به حد نصاب تعيين‌شده در آيين‌نامه تأسيس مؤسسات پژوهشي رسيده باشند را نيز بر اساس نوع وابستگي و زمينه فعاليت از سطح A تا E سطح‌بندي مي‌نمايد كه در اين خصوص تنها پژوهشكده مطالعات اسلامي در علوم انساني فردوسي مشهد در اين سطح‌بندي قرار داشته و سطح E را به خود اختصاص داده است كه اميد است با لطف الهي و تلاش بيشتر همكاران بتوان در جهت ارتقاي اين سطح و به‌طور كلي جايگاه دانشگاه فردوسي مشهد گام برداشت.